De Burchtheuvel is door mensenhanden opgeworpen: de eerste verhoging dateert al van voor 880. In dezelfde tijd begon de ontginning van het veengebied. In 860 is sprake van meerdere hoeves in Leithon. Uit de eerste heuvel ontwikkelde zich een motte kasteel, een versterking op een heuvel. Van hieruit kon men de scheepvaart over de Rijn en de oversteek over de rivier controleren.
De nieuwbakken graven van Holland streden lang om de macht over het gebied met de bisschop van Utrecht, die hier officieel namens de Duitse keizer heerste. In 1047 maakte graaf Floris I de Leidse Burcht tot een belangrijk bolwerk en liet er munt slaan. De Burcht zou echter regelmatig van eigenaar wisselen, tot de graaf rond 1130 heer en meester van Rijnland was. Een burggraaf bestuurde namens hem de Burcht.
Leidse markt tussen hof en Burcht
De graven hadden op de zuidoever van de Rijn bij de Vliet een belangrijke hofstede (huize Lokhorst) met sinds 1121 een kapel, de latere Pieterskerk.
