Later groeide de aanhang van Johannes Calvijn. Deze ketters werden echter hevig vervolgd. Voor vorsten als Karel V en Philips II van Spanje was de katholieke kerk een belangrijke steunpilaar in hun streven meer macht bij de koning te leggen en minder bij de steden.
Kerken lijden onder Beeldenstorm
De combinatie van nieuwe religieuze opvattingen, sociale onvrede en politiek was een explosief mengsel. Op 25 augustus 1566 richtte de onvrede zich op de kerkgebouwen. De Beeldenstorm die toen losbarstte, richtte veel schade aan in kerken en kloosters. Het bleek de opmaat voor de Nederlandse Opstand tegen de Spaanse koning. Leiden koos in 1572 partij voor de Opstand en de kerken kwamen in Hervormde handen.
- Symbool voor een tijd van crisis