Geleerden en studenten kwamen veelal uit het buitenland en de universiteit ontwikkelde zich tot een van de belangrijkste van Europa. De relatief grote mate van gewetensvrijheid droeg hieraan bij. Ook betekende dit een impuls voor de Leidse boekproductie, die internationaal al even hoog stond aangeschreven. Terwijl elders in Europa censuur werd opgelegd, kon men in Leiden omstreden werken vrij drukken en uitgeven.

Geloof en politiek
Theologische tegenstellingen tussen de Rekkelijken (gematigden) en Preciezen (orthodoxe calvinisten) verscherpten aan het begin van de 17e eeuw. Dit viel samen met sociale en politieke verschillen. Er ontstond een conflict in de stad. Het 'rekkelijke' stadsbestuur trok zich in 1617 terug achter de zogenaamde Arminiaanse Schans op de Breestraat. Stadhouder Maurits greep in ten gunste van de Preciezen. Andersdenkenden werden daarna relatief fel vervolgd in Leiden. Pas na 1650 werd dit minder.