Genootschappen en hervormers
De 18e eeuw bracht een diversiteit aan genootschappen voort. Veel leden wilden hervormingen tot stand brengen die het tij moest keren voor Leiden. Er was een groeiende afkeer van de stadhouder. Leiden werd een centrum van democratische hervormers, de Patriotten. In 1785-87 namen zij zelfs tijdelijk de macht over. Toen in 1795 de Franse troepen het land binnenvielen, werd in Leiden de Bataafse Vrijheid uitgeroepen. De Fransen werden als bevrijders binnengehaald.

Dieptepunt kruitramp
De omwenteling bracht niet de verwachte voorspoed. Buitenlandse handel werd zelfs nog moeilijker door de vele oorlogen van Napoleon. Bovendien werd Leiden op 12 januari 1807 getroffen door een ramp. Midden in de stad, op het Steenschuur ontplofte een kruitschip. Tientallen huizen werden verwoest, overal in de stad werden gebouwen beschadigd en er vielen 160 doden.